1.严重的河道堵塞现象
在进行河道治理中，其中一个较重要的挑战即是河道堵塞问题。形成河道堵塞的原因较多，如建筑垃圾和居民生活垃圾等。就目前而言，河道堵塞情况在部分城市中表现较严重，若处于汛期，将会引发洪水等灾害，进而造成农田和住房被洪水淹没，导致人们的生命及财产安全受到严重的影响，造成巨大的损失。此外，部分企业和个人为得到更高的经济利益，对部分河道进行非法占用，导致洪水发生时由于河道的水流不畅，进而引发山洪等灾难。这些人为因素，将直接影响整治河道的工作[2]。
2.河道基础设施配置不健全
长期以来，河道的作用一直都是防洪、运输、供水及简单的排污工作，并没有深度的挖掘其存在的生态价值、经济价值和文化价值。通常情况下，河道只是为适应简单的季节性变化，其最简单的作用就是在洪涝时进行泄洪，在干旱时期能有效提供水资源。虽然某些河道具备相应的基础设施，但存在着年久失修的现象，依然存在着安全隐患问题。而在真正需要发挥河道功能的时候，许多功能得不到切实的发挥，即便可使用其效率也较低下，难以达到预期效果。
在整治河道中，即便是对同一条河道进行治理，但由于河道所处的流域情况不同及所流经的区域地理条件不同，在一定程度上也将会导致管理、规划、治理方面存在着差异。为此在治理河道的过程中需要更多的治理方案，如使用同一套治理措施，在治理规划方面上缺少相应的合理性，最终也将导致相关管理工作得不到全面落实。就当前部分河道的管理工作而言，河道治理工作通常采用应急方式，一般都是在出现问题后才会采取相应的措施，且只是简单采用一些传统的应急方案。同时相关人员在治理河道的过程中，对周围环境的统一化、和谐化缺少相应的认知，进而使可持续发展受到严重的威胁。